In manchen Fällen und Unternehmen ist es besser die Updates dieser Komponenten zu deaktivieren weil z.B. bestimmte Softwareprodukte nicht mit den neuesten Versionen von Java/Flash harmonieren.
Wir haben ein recht exotisches Java Tool in unserem Institut (für recht exotische Aufgaben) das nur mit einer bestimmten Java Version läuft.

So könnt ihr diese Updates deaktivieren:

Java:
Systemsteuerung -> Java -> Aktualisierung -> Häkchen bei „Automatisch nach Aktualisierungen suchen“ entfernen

Flash Player:
Schaut auf das Global Notifications Settings panel, dort könnt ihr das Häkchen entfernen und das Update damit deaktivieren.

Idee via